El programa de preparación espiritual para la JMJ Cracovia 2016 ha sido diseñado por obispos del Consejo de la Conferencia Episcopal de Polonia para la Pastoral Juvenil. Se estima que un millón de personas asistieron a las reuniones mensuales durante los últimos tres años. 

Los preparativos para la Jornada Mundial de la Juventud han sido un pretexto para reavivar, y a la vez repensar, nuevas estrategias pastorales en todo el país. 

Otra parte importante de la preparación espiritual para la JMJ Cracovia 2016 es la peregrinación de los símbolos de la JMJ, la cruz y el ícono de Nuestra Señora Salus Populi Romani, bajo el lema Toque de Misericordia. La peregrinación, que comenzó el Domingo de Ramos de 2014, ya visitó las 44 diócesis. En estos momentos los símbolos están peregrinando en la arquidiócesis de Cracovia, donde permanecerán hasta la JMJ. El Bus – Capilla, creado por iniciativa del obispo Henryk Tomasik, transportó los símbolos más de 61.700 km.

Comunidades y movimientos, tanto internacionales como nacionales, se están uniendo a las preparaciones espirituales y a las celebraciones de los Días en las Diócesis; entre ellos, la Comunidad Emmanuel, en la arquidiócesis de Częstochowa, y Chemin Neuf, en la arquidiócesis de Łódź.

Como parte de los Días en las Diócesis, muchos grupos extranjeros manifestaron su deseo de llevar a cabo obras de misericordia y trabajo social. Esto incluirá trabajo pastoral en un hospicio y en un orfanato en la  diócesis de Koszalin-Kołobrzeg; visitas a presos en la diócesis de Kielce, trabajo de renovación de un hogar de bienestar social en la arquidiócesis de Gniezno y del centro de MONAR en la diócesis de Elk. Se llevarán a cabo trabajos de construcción en la arquidiócesis de Poznan; ayuda en los centros CARITAS de la arquidiócesis de Szczecin-Kamien, mantenimiento de cementerios en la arquidiócesis de Wroclaw, plantación de árboles en la diócesis de Tarnów y trabajo en unidades de donación de sangre en la arquidiócesis de Lublin.

Se estima que alrededor de 500.000 personas participarán de las celebraciones durante los Días en las Diócesis, entre peregrinos y anfitriones. Los anfitriones de la JMJ aseguraron que están preparados para recibir a unos 260.000 peregrinos en este período.